small fix
This commit is contained in:
@@ -6,6 +6,7 @@ from torch_geometric.data import Data
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|||||||
from torch_geometric.loader import DataLoader
|
from torch_geometric.loader import DataLoader
|
||||||
from torch_geometric.utils import to_undirected
|
from torch_geometric.utils import to_undirected
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||||||
from .mesh_data import MeshData
|
from .mesh_data import MeshData
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||||||
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import os
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||||||
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||||||
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||||||
class GraphDataModule(LightningDataModule):
|
class GraphDataModule(LightningDataModule):
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@@ -115,8 +116,8 @@ class GraphDataModule(LightningDataModule):
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|||||||
pos=pos,
|
pos=pos,
|
||||||
edge_attr=edge_attr,
|
edge_attr=edge_attr,
|
||||||
y=temperature.unsqueeze(-1),
|
y=temperature.unsqueeze(-1),
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||||||
boundary_mask=boundary_mask,
|
boundary_mask=torch.tensor(0), # Fake value (to fix)
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||||||
boundary_values=torch.tensor(0),
|
boundary_values=torch.tensor(0), # Fake value (to fix)
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||||||
)
|
)
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||||||
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|
||||||
return MeshData(
|
return MeshData(
|
||||||
@@ -143,15 +144,27 @@ class GraphDataModule(LightningDataModule):
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|||||||
|
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||||||
def train_dataloader(self):
|
def train_dataloader(self):
|
||||||
return DataLoader(
|
return DataLoader(
|
||||||
self.train_data, batch_size=self.batch_size, shuffle=True
|
self.train_data,
|
||||||
|
batch_size=self.batch_size,
|
||||||
|
shuffle=True,
|
||||||
|
num_workers=8,
|
||||||
|
pin_memory=True,
|
||||||
)
|
)
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||||||
|
|
||||||
def val_dataloader(self):
|
def val_dataloader(self):
|
||||||
return DataLoader(
|
return DataLoader(
|
||||||
self.val_data, batch_size=self.batch_size, shuffle=False
|
self.val_data,
|
||||||
|
batch_size=self.batch_size,
|
||||||
|
shuffle=False,
|
||||||
|
num_workers=8,
|
||||||
|
pin_memory=True,
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
def test_dataloader(self):
|
def test_dataloader(self):
|
||||||
return DataLoader(
|
return DataLoader(
|
||||||
self.test_data, batch_size=self.batch_size, shuffle=False
|
self.test_data,
|
||||||
|
batch_size=self.batch_size,
|
||||||
|
shuffle=False,
|
||||||
|
num_workers=8,
|
||||||
|
pin_memory=True,
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|||||||
@@ -56,44 +56,100 @@ class DecX(nn.Module):
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|||||||
return self.net(x)
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return self.net(x)
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||||||
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||||||
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||||||
|
# class ConditionalGNOBlock(MessagePassing):
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||||||
|
# def __init__(self, hidden_ch, edge_ch=0, aggr="mean"):
|
||||||
|
# super().__init__(aggr=aggr, node_dim=0)
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||||||
|
|
||||||
|
# self.edge_attr_net = nn.Sequential(
|
||||||
|
# nn.Linear(edge_ch, hidden_ch // 2),
|
||||||
|
# nn.SiLU(),
|
||||||
|
# nn.Linear(hidden_ch // 2, 1),
|
||||||
|
# nn.Softplus()
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||||||
|
# )
|
||||||
|
|
||||||
|
# self.diff_net = nn.Sequential(
|
||||||
|
# nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch),
|
||||||
|
# nn.SiLU(),
|
||||||
|
# nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch),
|
||||||
|
# )
|
||||||
|
|
||||||
|
# # self.x_net = nn.Sequential(
|
||||||
|
# # nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch),
|
||||||
|
# # nn.SiLU(),
|
||||||
|
# # nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch),
|
||||||
|
# # )
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||||||
|
|
||||||
|
# self.c_ij_net = nn.Sequential(
|
||||||
|
# nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch // 2),
|
||||||
|
# nn.SiLU(),
|
||||||
|
# nn.Linear(hidden_ch // 2, 1),
|
||||||
|
# nn.Sigmoid(),
|
||||||
|
# )
|
||||||
|
|
||||||
|
# # self.gamma_net = nn.Sequential(
|
||||||
|
# # nn.Linear(2 * hidden_ch, hidden_ch),
|
||||||
|
# # nn.SiLU(),
|
||||||
|
# # nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch // 2),
|
||||||
|
# # nn.SiLU(),
|
||||||
|
# # nn.Linear(hidden_ch // 2, 1),
|
||||||
|
# # nn.Sigmoid(),
|
||||||
|
# # )
|
||||||
|
|
||||||
|
# self.alpha_net = nn.Sequential(
|
||||||
|
# nn.Linear(2 * hidden_ch, hidden_ch),
|
||||||
|
# nn.SiLU(),
|
||||||
|
# nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch // 2),
|
||||||
|
# nn.SiLU(),
|
||||||
|
# nn.Linear(hidden_ch // 2, 1),
|
||||||
|
# nn.Sigmoid(),
|
||||||
|
# )
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||||||
|
|
||||||
|
# def forward(self, x, c, edge_index, edge_attr=None):
|
||||||
|
# return self.propagate(edge_index, x=x, c=c, edge_attr=edge_attr)
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||||||
|
|
||||||
|
# def message(self, x_i, x_j, c_i, c_j, edge_attr):
|
||||||
|
# c_ij = 0.5 * (c_i + c_j)
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||||||
|
# # gamma = self.gamma_net(torch.cat([x_i, x_j], dim=-1))
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||||||
|
# # gate = torch.sself.edge_attr_net(edge_attr))
|
||||||
|
# gate = self.edge_attr_net(edge_attr)
|
||||||
|
# # m = (
|
||||||
|
# # gamma * self.diff_net(x_j - x_i) + (1 - gamma) * self.x_net(x_j)
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||||||
|
# # ) * gate
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||||||
|
# m = self.diff_net(x_j - x_i) * gate
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||||||
|
# m = m * self.c_ij_net(c_ij)
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||||||
|
# return m
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||||||
|
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||||||
|
# def update(self, aggr_out, x):
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||||||
|
# alpha = self.alpha_net(torch.cat([x, aggr_out], dim=-1))
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||||||
|
# return x + alpha * aggr_out
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||||||
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||||||
|
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||||||
class ConditionalGNOBlock(MessagePassing):
|
class ConditionalGNOBlock(MessagePassing):
|
||||||
def __init__(self, hidden_ch, edge_ch=0, aggr="mean"):
|
def __init__(self, hidden_ch, edge_ch=0, aggr="mean"):
|
||||||
super().__init__(aggr=aggr, node_dim=0)
|
super().__init__(aggr=aggr, node_dim=0)
|
||||||
|
self.edge_ch = edge_ch
|
||||||
|
|
||||||
|
# Rete che mappa edge_attr -> coefficiente scalare (log-scale)
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|
# Se edge_ch==0 useremo un coefficiente apprendibile globale
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||||||
self.edge_attr_net = nn.Sequential(
|
self.edge_attr_net = nn.Sequential(
|
||||||
nn.Linear(edge_ch, hidden_ch // 2),
|
nn.Linear(edge_ch, hidden_ch),
|
||||||
nn.SiLU(),
|
nn.SiLU(),
|
||||||
nn.Linear(hidden_ch // 2, hidden_ch),
|
nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch // 2),
|
||||||
nn.Tanh(),
|
|
||||||
)
|
|
||||||
|
|
||||||
self.msg_proj = nn.Sequential(
|
|
||||||
nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch, bias=False),
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|
||||||
nn.SiLU(),
|
nn.SiLU(),
|
||||||
nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch, bias=False),
|
nn.Linear(hidden_ch // 2, 1),
|
||||||
|
nn.Softplus(),
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
# gating dalla condizione c_ij (restituisce scalar in (0,1))
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||||||
self.diff_net = nn.Sequential(
|
|
||||||
nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch),
|
|
||||||
nn.SiLU(),
|
|
||||||
nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch),
|
|
||||||
)
|
|
||||||
|
|
||||||
self.x_net = nn.Sequential(
|
|
||||||
nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch),
|
|
||||||
nn.SiLU(),
|
|
||||||
nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch),
|
|
||||||
)
|
|
||||||
|
|
||||||
self.c_ij_net = nn.Sequential(
|
self.c_ij_net = nn.Sequential(
|
||||||
nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch),
|
nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch),
|
||||||
nn.SiLU(),
|
nn.SiLU(),
|
||||||
nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch),
|
nn.Linear(hidden_ch, hidden_ch // 2),
|
||||||
nn.Tanh(),
|
nn.SiLU(),
|
||||||
|
nn.Linear(hidden_ch // 2, 1),
|
||||||
|
nn.Sigmoid(),
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
self.balancing = nn.Parameter(torch.tensor(0.0))
|
# alpha per passo (clampato tramite sigmoid)
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||||||
|
|
||||||
self.alpha_net = nn.Sequential(
|
self.alpha_net = nn.Sequential(
|
||||||
nn.Linear(2 * hidden_ch, hidden_ch),
|
nn.Linear(2 * hidden_ch, hidden_ch),
|
||||||
nn.SiLU(),
|
nn.SiLU(),
|
||||||
@@ -103,22 +159,56 @@ class ConditionalGNOBlock(MessagePassing):
|
|||||||
nn.Sigmoid(),
|
nn.Sigmoid(),
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
# self.norm = nn.LayerNorm(hidden_ch)
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||||||
|
|
||||||
def forward(self, x, c, edge_index, edge_attr=None):
|
def forward(self, x, c, edge_index, edge_attr=None):
|
||||||
|
# chiamiamo propagate; edge_attr può essere None
|
||||||
return self.propagate(edge_index, x=x, c=c, edge_attr=edge_attr)
|
return self.propagate(edge_index, x=x, c=c, edge_attr=edge_attr)
|
||||||
|
|
||||||
def message(self, x_i, x_j, c_i, c_j, edge_attr):
|
def message(self, x_i, x_j, c_i, c_j, edge_attr):
|
||||||
c_ij = 0.5 * (c_i + c_j)
|
"""
|
||||||
alpha = torch.sigmoid(self.balancing)
|
Implementazione diffusiva:
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||||||
gate = torch.sigmoid(self.edge_attr_net(edge_attr))
|
m_ij = w_ij * (x_j - x_i) * c_gate_ij
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||||||
m = (
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dove w_ij = softplus(edge_attr_net(edge_attr)) >= 0
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||||||
alpha * self.diff_net(x_j - x_i) + (1 - alpha) * self.x_net(x_j)
|
"""
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||||||
) * gate
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# 1) calcola c_ij e gating da c
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||||||
m = m * self.c_ij_net(c_ij)
|
c_ij = 0.5 * (c_i + c_j) # [E, H]
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||||||
|
c_gate = self.c_ij_net(c_ij) # [E, 1] in (0,1)
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||||||
|
|
||||||
|
# 2) calcola peso scalare non-negativo per edge
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||||||
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w_raw = self.edge_attr_net(edge_attr) # [E,1]
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||||||
|
|
||||||
|
# softplus -> peso >= 0; aggiungo epsilon per stabilità
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||||||
|
w = w_raw + 1e-12 # [E,1]
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||||||
|
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||||||
|
# 3) messaggio base: differenza pesata
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diff = x_j - x_i # [E, H]
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||||||
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m = w * diff # broadcast: [E,1] * [E,H] -> [E,H]
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||||||
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||||||
|
# 4) applica gating dalla condizione
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||||||
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m = m * c_gate # [E,H]
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||||||
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|
||||||
|
# Restituisco anche w (sfruttabile in update) — ma MessagePassing non ritorna extra,
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||||||
|
# così se vuoi degree-normalization devi calcolare i gradi prima di propagate.
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||||||
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# Qui ritorno solo m: la normalizzazione per grado la faccio in update usando 'mean' aggr
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return m
|
return m
|
||||||
|
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||||||
def update(self, aggr_out, x):
|
def update(self, aggr_out, x):
|
||||||
alpha = self.alpha_net(torch.cat([x, aggr_out], dim=-1))
|
"""
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||||||
return x + alpha * self.msg_proj(aggr_out)
|
aggr_out:
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||||||
|
- se aggr='sum': somma delle w_ij*(x_j-x_i) incoming
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||||||
|
- se aggr='mean': già normalizzato sul numero di vicini (ma non per somma dei pesi)
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||||||
|
Qui normalizziamo implicitamente dividendo per (1 + |aggr_out|_norm) per stabilità,
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||||||
|
e applichiamo il passo alpha.
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||||||
|
"""
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||||||
|
# aggr_out = self.norm(aggr_out) # stabilizza la scala
|
||||||
|
|
||||||
|
# alpha vettoriale/scalar: [N,1]
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||||||
|
alpha = self.alpha_net(torch.cat([x, aggr_out], dim=-1)) # in (0,1)
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||||||
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||||||
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x_new = x + alpha * aggr_out
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||||||
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return x_new
|
||||||
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||||||
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||||||
class GatingGNO(nn.Module):
|
class GatingGNO(nn.Module):
|
||||||
|
|||||||
@@ -109,7 +109,6 @@ class GraphSolver(LightningModule):
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|||||||
edge_index=edge_index,
|
edge_index=edge_index,
|
||||||
edge_attr=edge_attr,
|
edge_attr=edge_attr,
|
||||||
unrolling_steps=self.unrolling_steps,
|
unrolling_steps=self.unrolling_steps,
|
||||||
plot_results=True,
|
|
||||||
batch=batch.batch,
|
batch=batch.batch,
|
||||||
pos=batch.pos,
|
pos=batch.pos,
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|||||||
Reference in New Issue
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